做清包工亏了也应支付工资。依据《劳动法》，工资应按月支付，不得克扣或无故拖欠。否则，除全额支付工资外，还需加发25%经济补偿金。若不及时处理，可能导致法律纠纷及企业信誉受损。
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常见处理方式为申请劳动仲裁。面对拖欠工资，可先与雇主协商，协商无果则向劳动仲裁委员会提起仲裁，确保合法权益得到维护。
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应及时处理工资问题。操作如下：1. 与雇主沟通，协商解决方案；2. 若协商无果，收集证据，如工资条、合同等；3. 向当地劳动仲裁委员会提起仲裁，提交证据材料；4. 等待仲裁结果，若不服可进一步提起诉讼。